Hola, soy experto en Marketing Online, trabajo Seo, Posicionamiento Web, Adwords, Analytics, Social Media, Adsense, Redes CPA.... durante mas de 6 años y puedo ayudarle.
KEYWORD DENSITY, es un factor muy importante, como comentas realizar cambios en 8.000 post es una tarea de larga duracion pero lo que se puede hacer es analizar cuales conviene optimizar antes segun a que palabras y trafico esta orientado ese post o la importancia del contenido.
CONTENIDOS DUPLICADOS, aqui lo que se debe hacer es analizar el contenido con el porcentaje de similitud y ver si esta publicado en otros sitios, segun el porcentaje se alimina o se deja. Si el mismo usuario intenta publicar repetidas veces contenido duplicado se banea, es la mejro opcion.
BACKLINKS, me parece exagerado que de 100.000 links se haya pasado a 12.000, me parece que son demasiados enlaces toxicos a no se que el sitio haya sido atacado. La herramienta de google webmaster para eliminacion de links no hay que tomarsela a la ligera y ponerse a quitar links porque si, se necesita un analisis muy exaustivo de cada link. Existe la posibilidad que incluso el PAGE RANK haya caido por esto si quitaron links que no debian.
DOMAIN AUTHORITY. No hay que confundir la autoridad del dominio con el pagerank que son cosas muy distintas. Hoy en dia el pagerank no es lo que era y se pueden ver web con pagerank 0 por delante de wb con pagerank 3 o 4 sin problemas.
DISEÑO ANTICUADO. Siempre que no se toquen contenidos, titulos y url no h